Przyjmując, że żółwie są anapsydami uznaje się je wtedy za potomków Procolophonoidea lub parejazaurów albo za takson siostrzany do eunotozaura. W przypadku kiedy uznamy żółwie za diapsydy, mogą być one lepidozauromorfami blisko spokrewnionymi z zauropterygami lub lepidozaurami (jak sugerują analizy kladystyczne wykorzystujące cechy morfologiczne), lub też przedstawicielami archozauromorfów (jak sugerują badania genetyczne)Naoyuki Iwabe, Yuichiro Hara, Yoshinori Kumazawa, Kaori Shibamoto, Yumi Saito, Takashi Miyata, Kazutaka Katoh. Sister Group Relationship of Turtles to the Bird-Crocodilian Clade Revealed by Nuclear DNA–Coded Proteins. „Molecular Biology and Evolution”. 22, ss. 810-813 (2005). doi:10.1093/molbev/msi075 (ang.)..
W przypadku żółwi, nie tylko kwestią sporną jest pozycja filogenetyczna rzędu, ale również klasyfikacja poszczególnych gatunków. Przedstawiony poniżej kladogram uwzględnia ważniejsze wymarłe taksony, oraz w prosty sposób obrazuje rozwój poszczególnych obecnie żyjących rodzin. Celowo nie zostały umieszczone nazwy gatunków.
Kladogram za: Eugene S. GaffneyPhylogeny of Turtles American Museum of Natural History, the official site of Eugene Gaffney