Alternatywny kladogram, za Joyce (2007). Definicje filogenetyczne kladów, których nazwy pojawiają się na poniższym kladogramie za: Joyce, Parham i Gauthier (2004) oraz Joyce (2007). Kladogramy różnią się m.in. pozycją filogenetyczną rodzajów Proterochersis i Kayentachelys oraz rodzin: Meiolaniidae (reprezentowanej na kladogramie Joyce’a przez gatunek Meiolania platyceps), Protostegidae (na kladogramie Joyce’a reprezentowanej przez gatunek Santanachelys gaffneyi) i Chelydridae.
Analizy kladystyczne przeprowadzone przez Sterli (2010) sugerują, że bazalnymi przedstawicielami Testudinata nie należącymi do Testudines (poza taksonami, które miały taką pozycję filogenetyczną według analizy Joyce’a, 2007) były również rodziny: Protostegidae (reprezentowana w analizie przez Santanachelys gaffneyi), Plesiochelyidae, Pleurosternidae i Baenidae. Analiza Sterli wykorzystująca jedynie cechy morfologiczne potwierdziła, że Cryptodira i Pleurodira są taksonami monofiletycznymi;