natomiast z analizy wykorzystującej zarówno cechy morfologiczne, jak i molekularne wynika, że Cryptodira są parafiletyczne, a klady: Trionychia, Kinosternoidea, Chelydridae, Testudinoidea i Chelonioidea są sukcesywnie bardziej odległymi grupami zewnętrznymi w stosunku do Pleurodira.
Uproszczone drzewo filogenetyczne współczesnych żółwi uzyskane w oparciu o badania molekularne według Crawforda i współpracowników (2015):
Klasyfikacja klasyczna (bez rangi): Testudinata Rodzina: Rodzaj: †Chelycarapookus Rodzaj: †Chinlechelys Rodzaj: †Chitracephalus Rodzaj: †Eileanchelys Rodzaj: †Neusticemys Rodzina: Australochelidae Rodzaj: †Australochelys †Australochelys africanus Rodzaj: †Murrhardtia Rodzaj: †Palaeochersis Rodzina: †MeiolaniidaePozycja filogenetyczna według Bywają też zaliczane do Cryptodira (tak np. ) Rodzaj: †Crossochelys †Crossochelys corniger Rodzaj: †Niolamia †Niolamia argentina Rodzaj: †Ninjemys †Ninjemys oweni (= †Meiolania oweni) Rodzaj: †Meiolania †Meiolania brevicollis †Meiolania damelipi †Meiolania mackeyi †Meiolania platyceps Rodzaj: †Osteopygis Podrząd: †Proganochelydia Rodzina: †Odontochelyidae Rodzaj: †Odontochelys †Odontochelys semitestacea Rodzina: †Proganochelyidae Rodzaj: †Proganochelys †Proganochelys quenstedti Rząd: Testudines (CheloniaJ.