Marek Winiarczyk jest członkiem Polskiego Towarzystwa Filologicznego, Polskiego Towarzystwa Historycznego oraz Wrocławskiego Towarzystwa Naukowego, gdzie w latach 1991–1993 był sekretarzem Wydziału I oraz sekretarzem Wydziału II w latach 1997–2001.
Zainteresowania i dorobek naukowy Dorobek naukowy Marka Winiarczyka jest bogaty i różnorodny tematycznie, m.in. zajmuje się on: problematyką ateizmu i utopii w starożytności, filozofią antyczną (przede wszystkim presokratycy, sofistyka, Sokrates i szkoły sokratyczne, stoicyzm, epikureizm), religiami w świecie grecko-rzymskim (funkcjonowanie religii w polis, mit, misteria, orfizm, kult władców, apoteoza Heraklesa), kontaktami grecko-indyjskimi w epoce klasycznej i hellenistycznej (m.in. Indika Ktezjasza i Megastenesa, spotkaniem Onesikritosa i Aristobulosa z mędrcami indyjskimi w Pendżabie, spotkaniem Aleksandra Wielkiego z braminami, gymnosofistą Kalanosem), dalszymi losami kultury greckiej w świecie islamu (m.in.