problemem tłumaczeń dzieł greckich na język arabski, wpływem filozofii i nauki greckiej na Arabów, tłumaczeniem dzieł arabskich na łacinę w Europie średniowiecznej), łacińską epigrafiką nowożytną (zasadami edytorskimi inskrypcji łacińskich, skrótami łacińskimi występującymi w inskrypcjach), edycją fragmentów tekstów twórców antycznych. Dorobek ten, w większości, został opublikowany w językach obcych, zwłaszcza niemieckim, w renomowanych zagranicznych czasopismach (m.in. Rheinische Museum für Philologie, Philologus) i wydawnictwach naukowych (m.in. K. G. Saur Verlag). Marek Winiarczyk przebywał wielokrotnie na stypendiach zagranicznych, m.in. w Rzymie jako stypendysta Rządu Włoskiego, a następnie Fundacji Lanckorońskich oraz w Atenach, gdzie był członkiem The American School of Classical Studies at Athens jako stypendysta Fundacji Mellona. Ponadto w 1993 i 1998 roku był on członkiem Institute of Classical Studies w Londynie, a w latach 1994, 1998, 2000 przebywał na zaproszenie Fondation Hardt pour l'Étude de l'Antiquité Classique w Vandoeuvres, w Szwajcarii. Utrzymuje on indywidualne kontakty naukowe z licznymi wybitnymi uczonymi w Austrii, Niemczech, Szwajcarii, Szwecji, Włoszech i USA.