Jest pierwszym polskim uczonym, który podjął się opracowania krytycznych edycji testimoniów, poprzez co wpisał się w dokonania nauki polskiej oraz w krąg światowych znawców literatury przedmiotu. Jego prace edytorskie można uznać za trwały wkład do nauk o starożytności w skali europejskiej i światowej. Jest uznanym i cenionym na świecie badaczem, czego dowodzi m.in. zamieszczenie jego biogramu w Who’s Who in the World 2002, jak i to, że jest cytowany w najbardziej prestiżowych słownikach i encyklopediachhttp://www.pu.uni.wroc.pl/ROK2003/NUMER7-8/page19.pdf.. Ponadto za działalność naukową i dydaktyczno-wychowawczą Marek Winiarczyk otrzymał kilka nagród Rektora Uniwersytetu Wrocławskiego.
Publikacje Der erste Atheistenkatalog des Kleitomachos, Philologus 120, 1976, s. 32–46. Skróty łacińskie w książkach drukowanych. Z dodatkiem skrótów greckich, Wrocław 1977. Diagoras von Melos-Wahrheit und Legende, Eos 67, 1979, s. 191–213 (część pierwsza) i Eos 68, 1980, s. 51–75 (część druga). Diagorae Melii et Theodori Cyrenaei reliquiae, Leipzig 1981 (Bibliotheca Teubneriana). Theodoros ὁ Ἄθεος, Philologus 125, 1981, s. 64–94. War galt im Altertum als Atheist?, Philologus 128, 1984, s. 157–183. Methodisches zum antiken Atheismus, RhM 133, 1990, s.