W swej pracy naukowej podejmował badania, m.in. nad: nowożytnymi dziejami Wielkiego Księstwa Litewskiego i Podlasia, ze szczególnym uwzględnieniem pogranicza na linii rzek Biebrza i Brzozówka, ochroną dziedzictwa kulturowego Litwy i Korony, losami Polaków na Kresach północno-wschodnich w XX w.
Publikacje Józefa Maroszka, szczególnie te z dziedziny historii regionalnej (od Drohiczyna, Białowieży poprzez Jałówkę, Supraśl, Świętą Wodę, Korycin, Knyszyn, Trzcianne, Goniądz po Bobrę Wielką, Pawłowicze, Łosośnę Małą, Tołoczki Wielkie i jeszcze dalej na Wschód – na szlak mickiewiczowski – oraz po Raków, Rudawę i Iwieniec) – poświęcone są tematyce przybliżającej dzieje okolicznych ziem.
Jego zainteresowania naukowe ewoluowały od historii gospodarczo-społecznej do badań nad dziejami osadnictwa oraz przemian gospodarczych i kulturowych na terenie Podlasia, były inspiracją do badań nad historią rodzinną.
Z inspiracji prof. Jerzego Wiśniewskiego skierował swoje zainteresowania naukowe ku Grodzieńszczyźnie i ziemiom dawnego Wielkiego Księstwa Litewskiego (WKL), dostrzegając w tym kierunku nowe perspektywy badawcze po rozpadzie ZSRR.