Wygnanie Po zajęciu Katalonii przez wojska frankistowskie, 5 lutego 1939 Companys wyemigrował do Perpignan we Francji, a stamtąd do Paryża, gdzie kierował przedstawicielstwem Generalitat na uchodźstwie - Consell Nacional de Catalunya (Katalońska Rada Narodowa). Później przeniósł się do La Baule-les-Pins w departamencie Loire-Atlantique. Pomimo zagrożenia (kraj zajęło wojsko niemieckie) pozostał na miejscu ze względu na pragnienie utrzymania kontaktu ze swoim psychicznie chorym synem Lluísem Companys i Micó (1911-1956). Syn był owocem pierwszego małżeństwa polityka, z Mercè Micó, z którą rozwiódł się dla Carme Ballester, drugiej i ostatniej żony. Właśnie w La Baule-les-Pins wpadł 13 sierpnia 1940 roku w ręce agentów Gestapo. 29 sierpnia został wydany Hiszpanom na przejściu granicznym w Irun w Kraju Basków. Jeszcze przebywając we Francji został zaocznie osądzony na podstawie uchwalonej już po wojnie i stosowanej z pogwałceniem zasad (lex retro non agit) Ley de Responsabilidades Políticas (Ustawy o odpowiedzialności politycznej, zwanej przez przeciwników Ustawą o sprawiedliwości na odwrót). W ponownym procesie został skazany pod kuriozalnym zarzutem udziału w zbrojnej rebelii. Proces odbył się przed trybunałem wojskowym jako sąd wojenny bez możliwości odwołania.