Celem CCMA była koordynacja różnych sił antyfaszystowskich przeciwko hiszpańskim nacjonalistom.

Companys, który przez cały okres wojny domowej był szefem rządu Katalonii starał się utrzymać jedność partii i central związkowych, które go popierały. Nie było to łatwe ze względu na konflikty między komunistami i socjalistami z Partit Socialista Unificat de Catalunya (Katalońskiej Zjednoczonej Partii Socjalistycznej) a anarchistami z Krajowej Konfederacji Pracy i wspierającą ich Partido Obrero de Unificación Marxista (Robotnicza Partia Marksistowskiej Unifikacji). W listopadzie 1936 z pomocą anarchistów zapobiegł planowanemu przez nacjonalistyczna partię katalanistyczną Estat Català zamachowi stanuEnric Ucelay-Da Cal, Arnau González i Vilalta (red.), Contra Companys, 1936. La frustración nacionalista ante la revolución, Valencia 2012, .

Od października 1937 narastał jego konflikt z rezydującym w Barcelonie republikańskim rządem Juana Negrín. W kwietniu 1938, po zajęciu przez frankistów katalońskiego miasta Lleida, napisał do premiera list, w którym skarżył się na arbitralność jego działań i marginalizację swojego gabinetu.