W styczniu 2009 ustalono zwiększenie liczebności parlamentu z 275 do 550 członków, z czego 200 mandatów zostało przeznaczonych dla ARS"Somali Islamist leader to vie for president as parliament expanded", zimbio, 26 stycznia 2009..
Prezydent 26 stycznia 2009 Szarif Ahmed ogłosił swoją kandydaturę w wyborach prezydenta Somalii po tym, jak z tego urzędu zrezygnował miesiąc wcześniej Abdullahi Yusuf"Somalia may delay president vote", BBC News, 26 stycznia 2009.. 30 stycznia 2009 zwyciężył w drugiej turze wyborów, pokonując trzynastu innych kandydatów"Islamist leader wins Somali presidency", Reuters, 31 stycznia 2009.. Wyboru prezydenta dokonał parlament, powiększony o członków ARS i obradujący w Dżibuti z powodu niestabilnej sytuacji w Somalii.
W swoim przemówieniu Ahmed obiecał powołanie uczciwego rządu oraz utrzymywanie przyjaznych stosunków z sąsiadami w Afryce Wschodniej. Wezwał również wszystkie grupy bojowników do przyłączenia się do procesu pokojowego"Islamist leader elected Somali president", People's Daily Online, 31 stycznia 2009.. 31 stycznia 2009 został zaprzysiężony na stanowisku prezydenta w Kempinski Hotel w Dżibuti. 1 lutego 2009 udał się w swoją pierwszą podróż, na 12.