Szczyt Unii Afrykańskiej do Addis Abeby"Somalia swears in new president", IOL, 31 stycznia 2009..
8 lutego 2009 radykalne islamistyczne bojówki Hizbul Islam oraz Al-Szabaab wypowiedziały wojnę rządowi prezydenta Ahmeda. 18 kwietnia 2009 parlament Somalii uchwalił wprowadzenie w całym kraju szariatu, czyli prawa muzułmańskiego.
9 czerwca 2011, po kilku miesiącach sporu, prezydent Ahmed oraz przewodniczący parlamentu Szarif Hassan Szajh Aden podpisali porozumienie w Kampali, wynegocjowane przez wysłannika ONZ oraz prezydenta Ugandy Yoweriego Museveniego, której wojska stanowiły trzon misji pokojowej Unii Afrykańskiej stacjonującej w Somalii (AMISOM). Porozumienie polityczne było konieczne, gdyż mandat władz tymczasowych dobiegał końca w sierpniu 2011, a somalijski prezydent i przewodniczący parlamentu różnili się w kwestii rozwoju dalszej sytuacji. Podczas gdy pierwszy z nich optował za przedłużeniem mandatu, drugi obstawał przy przeprowadzeniu wyboru prezydenta i nowego przewodniczącego parlamentu zgodnie z harmonogramem. Na mocy podpisanego porozumienia mandat władz tymczasowych przedłużony został o rok, do 20 sierpnia 2012, kiedy miały zostać przeprowadzone wybory.