Klub nie planował przedłużenia z nim umowy, a sam szkoleniowiec został pożegnany dość chłodno. Następcą Emerego został Mauricio Pellegrino
Spartak Moskwa
8 maja 2012 podpisał dwuletni kontrakt ze Spartakiem Moskwa. Jak sam przyznał, była to jego pierwsza praca poza Hiszpanią. 25 listopada 2012 zrezygnował ze stanowiska szkoleniowca Spartaka po serii przegranych meczów, zakończonej przegraną 1:5 z Dinamo Moskwa.
Sevilla FC
14 stycznia 2013 roku Unai Emery podpisał półtoraroczny kontrakt z SevilląPrimera Division. Zmiana trenera w Sevilli.. Na koniec sezonu Sevilla zajęła dopiero 9. miejsce w Primera División, ale dzięki wykluczeniu z europejskich rozgrywek Malagi oraz braku otrzymania licencji przez Rayo Vallecano, zastępczo awansowała do Ligi Europy.
14 maja 2014 roku Emery wygrał rozgrywki Ligi Europy. Jego Sevilla pokonała Benficę w karnych 4:2 – po regulaminowym czasie i dogrywce był bezbramkowy remis. Rozgrywki ligowe drużyna zakończyła na 5. miejscu w tabeli, ponownie zapewniając sobie grę w europejskich pucharach.