27 maja 2015 roku po raz drugi drużyna Emery’ego zwyciężyła w rozgrywkach Ligi Europy, tym razem po pokonaniu ukraińskiego Dnipro 3-2 na Stadionie Narodowym w Warszawie. Dzięki temu andaluzyjski zespół otrzymał prawo gry w Lidze Mistrzów. Rozgrywki ligowe Sevilla ukończyła bowiem ponownie na 5. miejscu w tabeli.
W Lidze Mistrzów Sevilla awansowała do jednej grupy wraz z Borussią Mönchengladbach, Juventusem oraz Manchesterem City. Jesienią z dwoma zwycięstwami i czterema porażkami zajęła trzecie miejsce w grupie, a tym samym wiosną mogła kontynuować europejskie boje w Lidze Europy.
18 maja 2016 roku po raz trzeci z rzędu Emery doprowadził Sevillę do zwycięstwa w Lidze Europy. Tym razem finał odbył się na St. Jakob-Park w Bazylei. Hiszpańska drużyna pokonała angielski Liverpool F.C., pod wodzą Jurgena Kloppa, 3-1, przechodząc do historii jako klub z największą ilością trofeów w rozgrywkach Ligi Europy (i wcześniejszego Pucharu UEFA). Tym samym pomimo odległego 7. miejsca w tabeli ligowej, zespół zakwalifikował się do Ligi Mistrzów. 12 czerwca 2016 roku Sevilla oficjalnie ogłosiła, że Emery opuszcza klub.
Paris Saint-Germain F.C.