Proces pokojowy przyśpieszył gdy na skutek wyborczego sukcesu prezydentem kraju w 1999 na został Abd al-Aziz Buteflika z ramienia Frontu Wyzwolenia Narodowego. Niezwiązany z juntą polityk przeforsował amnestię dla wszystkich bojowników, którzy nie byli zaangażowani w masakry. Amnestia doprowadziła do rozłamu w toczącej jeszcze walkę z rządem Zbrojnej Grupie Islamskiej. Część partyzantów złożyła broń i przyjęła ofertę prezydenta, najbardziej radykalni islamiści zdecydowali się jednak kontynuować walkę. W styczniu 2000 roku całkowite rozwiązanie ogłosiła Islamska Armia Ocalenia. W górach pozostało jedynie od 300 do 1000 partyzantów. Po zakończeniu konfliktu funkcjonowanie partii fundamentalistycznych zostało zakazane w dalszym ciągu a wojsko pozostawiło w swoich rękach duży stopień władzy. W 2006 roku z inicjatywy prezydenta Buteflika doszło do powszechnej amnestii bojowników odsiadujących wyroki. Amnestia odbyła się w ramach programu Karta Pokoju i Narodowego Pojednania (uchwalonej w referendum w 2005 roku).