Dzięki zawartości fruktozy oraz temu, iż indeks glikemiczny mierzy jedynie zawartość glukozy, syrop z agawy jest znany z wyjątkowo niskiego indeksu glikemicznego i ładunku glikemicznegoDavid Mendosa. Revised International Table of Glycemic Index (GI) and Glycemic Load (GL) Values—2002. http://www.mendosa.com/gilists.htm. Pomimo tego niezwykle wysokie stężenie fruktozy (wyższe niż w wysokofruktozowym syropie kukurydzianym) może mieć negatywne skutki zdrowotne i powodować symptomy nietolerancji fruktozy (zespołu złego wchłaniania fruktozy).
Dostępny na rynku syrop z agawy był także przedmiotem krytykiAgave Nectar, the High Fructose Health Food Fraud" (2008-11-23), gdyż w późnych latach dziewięćdziesiątych, zawierał 90% termicznie lub chemicznie hydrolizowanej fruktozy. Produkt obecnie dostępny na rynku nadal zawiera przeważającą ilość fruktozy, ale jest ona hydrolizowana enzymatycznie, z użyciem enzymów naturalnychAgave Nectar: A Rebuttal to Misinformed Attacks on this Natural Sweetener" (2008-12-11).
Zastosowanie Syrop z agawy jest w wielu przepisach kulinarnych stosowany zamiast cukru lub miodu. Weganie zastępują nim miód.