Do początku XX wieku władze pruskie nie dopuszczały do erygowania nowych parafii katolickich na terenie Bydgoszczy. Z powodu zapełnienia cmentarz nie mógł już być dłużej użytkowany. W 1906 proboszcz parafii farnej ks. Ryszard Markwart uzyskał zgodę na założenie nowego cmentarza parafialnego na północnych rubieżach miasta (cmentarza Nowofarnego). Od tej pory nekropolię nazywano Starym cmentarzem lub cmentarzem Starofamym.
W 1924 prymas Edmund Dalbor podzielił bydgoską parafię farną na sześć jednostek administracyjnych, zaś prawo do dokonywania pochówków na cmentarzu uzyskała parafia Świętej Trójcy. W 1936 rada miasta Bydgoszczy uchwaliła opiekę na koszt miasta nad grobem pochowanego na cmentarzu Starofarnym zasłużonego dla Bydgoszczy malarza i patrioty Maksymiliana Piotrowskiego.
W czasie okupacji hitlerowskiej cmentarz Starofarny wielokrotnie był przedmiotem ataków ze strony okupanta, który dążył do niszczenia oznak polskości miasta. Władze niemieckie wydały polecenie usunięcia z tablic nagrobkowych polskich napisów. Ponadto cmentarz był atakowany przez bojówki Hitlerjugend, które niszczyły polskie nagrobki, zalepiały polskie napisy, oraz uszkadzały ogrodzenie.