W jedną z kwietniowych niedziel 1942, w godzinach rannych, napadu na cmentarz dokonali Niemcy w mundurach SA oraz SS, zasmarowując polskie napisy nagrobne cementem oraz niszcząc metalowe elementy wyposażenia grobów. Wyrządzone szkody naprawiono po wojnie przez rodziny zmarłych oraz mieszkańców okolicznych kamienic.
W latach 1945–1964 mimo zapełnienia, nadal dokonywano pochówków na cmentarzu w grobach rodzinnych i w miejscach starych grobów z XIX wieku, którymi nikt się nie opiekował. 11 lipca 1964 dokonano ostatniego pochówku (śp. Henryka Barańskiego), a 15 lipca 1964 nekropolia została zamknięta przez Wydział Gospodarki Komunalnej i Mieszkaniowej Miejskiej Rady Narodowej w Bydgoszczy i przemianowana na cmentarz komunalnyKuczma Rajmund: Mała encyklopedia Bydgoszczy – część hasła „C”. [w:] Kalendarz Bydgoski 1993..