prawie do końca życia.
W marcu 1914 pogarszający się stan zdrowia skłonił go do wzięcia urlopu zdrowotnego, zaś we wrześniu 1915 do wystąpienia o emeryturę, którą przyznano mu w lutym 1916.
Zmarł 14 lutego 1917 w Krakowie. Pochowany na cmentarzu Rakowickim w KrakowieA. Więcek, M. Gotfryd, Krakowskie cmentarze – śladami geografów..
Życie prywatne Franciszek Czerny ożenił się 1 września 1883 z Zofią Bobrzyńską (1863-1928)Jego szwagrem był Michał Bobrzyński, profesor UJ i polityk galicyjski, związany ze stronnictwem Stańczyków). Późniejsi autorzy sugerowali, że miało to wpływ na przyznanie Czernemu katedry; w rzeczywistości w tamtym momencie Zofia miała zaledwie 13 lat (Krawczyk 1999).. Mieli pięcioro dzieci: Michała (1885-1918, zginął na froncie), Stefana (1886-1976, prawnik i muzyk), Zofię (1891-1982), Stanisława (ur. 1894, pianista, ojciec Haliny Czerny-Stefańskiej), Władysława (1899-1976, architekt).