Praca naukowa i dydaktyczna Pierwszymi publikacjami naukowymi Franciszka Czernego były prace z zakresu historii: Panowanie Jana Olbrachta i Aleksandra Jagiellończyków (1871), Zawiązki państwowe i kościelne Czech, Polski i Węgier (1872), Trybunat Grakchów (nieopublikowana). W czasie studiów napisał dwie rozprawy, dzięki którym uzyskał habilitację: Entdeckungsgeschichte der Gabun- und Ogowe-Länder und die Ogowe Quellen (1876) oraz Die Wirkung der Winde auf die Gestaltung der Erde (1876), która doczekała się szeregu pozytywnych recenzji, w tym m.in. pióra Alfreda Kirchohoffa.
Już po objęciu katedry geografii publikował pracę z różnych dziedzin geografii, m.in.: Zarys geografii fizycznej oceanu (1877), Znaczenie lasów zwłaszcza w górach i dla gór (1878), O wytwarzaniu się gór (1879); z zakresu klimatologii i meteorologii: Zmienność klimatu i jej przyczyny (1877, wydana w języku niemieckim 1881), Dzisiejsza prognoza meteorologiczna (1883);