W 1900 został powołany Instytut Geograficzny "pod kierunkiem i dozorem prof. Czernego", od 1911 nazywany formalnie Gabinetem Geograficznym.
Pod koniec 1891 profesor Czerny został mianowany przewodniczącym komisji egzaminacyjnej dla kandydatów na nauczycieli szkół średnich, która miała za zadanie podnieść poziom oświaty w Galicji. Sumiennie kierował nią do 1914, do momentu rezygnacji ze względu na stan zdrowia.
Był przeciwnikiem habilitacji Franciszka Bujaka, zatwierdzonej przez UJ w 1905. Według wspomnień Bujaka, naukowca o chłopskim pochodzeniu, Czerny uważał go za socjalistę, odkąd związany wtedy jeszcze politycznie z Stronnictwem Narodowo-Demokratycznym Bujak odmówił jego żądaniu potępienia ruchu ludowego na łamach „Czasu”.
Podsumowanie Na uwagę zasługuje zmiana specjalności naukowej Franciszka Czernego – w stosunkowo krótkim czasie z dobrze zapowiadającego się historyka stał się geografem. Duży wpływ miała tutaj jego wrodzona sumienność i dobre opanowanie warsztatu naukowego.