Kurs kończył się w lipcu 1946.
W 1949 roku na Zjeździe Filmowym w Wiśle, podsumowującym osiągnięcia kinematografii w pierwszych latach socjalistycznej Polski Ludowej, po raz pierwszy użyto w stosunku do twórczości Puchalskiego określenia Puchalszczyzna, które miało mieć wydźwięk pejoratywny i w sposób lekceważący określać jego rzekomą formalistyczna postawę i solidaryzm narodowy. Współcześnie, określenie to stało się symbolem unikalnego i złożonego procesu twórczego, charakterystycznego dla pracy Puchalskiego.
W tym samym roku Puchalski rozpoczął pracę w Instytucie Zootechniki Uniwersytetu Jagiellońskiego, gdzie stworzył dział dokumentacji foto-filmowej zwierząt.Od roku 1956 pracował w Wytwórni Filmów Oświatowych w Łodzi jako operator filmowy i reżyser. W latach 1957 i 1958 wziął udział w dwóch arktycznych wyprawach na Spitsbergen.
Zatrzymał w kadrze m.in. powojenną wiejską architekturę, przyrodę i życie mieszkańców nadnarwiańskiej wsi.
Włodzimierz Puchalski przeszedł na emeryturę w roku 1976, na trzy lata przed śmiercią.