Pod koniec XIII wieku tereny te zajęła Marchia Brandenburska, a wraz z tym rozpoczęła się niemiecka kolonizacja. Margrabiowie Otto V i Albrecht III zezwolili Heinrichowi Toyte na lokalizację miasta o nazwie Nova BerynPiotr Skurzyński, „Pomorze”, Wyd. Sport i Turystyka – Muza S.A., Warszawa 2007 , s. 29.. W 1278 r. Brandenburczycy nadali osadzie prawa miejskie, a miasto stało się nadgranicznym grodem obronnym. W połowie XIV w. Barlinek otrzymał mury obronne z dwoma bramami – Myśliborską (Soldiner Tor) i Młyńską (Mühlentor). Miasto doznawało licznych klęsk żywiołowych, jak zarazy i pożary (te ostatnie aż siedmiokrotnie). Podstawowe zajęcia mieszkańców stanowiły rolnictwo i hodowla bydła.
Od 1373 pod panowaniem Korony Czeskiej. W 1402 w Krakowie zawarto układ w sprawie zakupu miasta z regionem przez Polskę, jednakże ostatecznie zostało sprzedane Krzyżakom, do których należało do 1454. W 1410 najazdy Polaków i Pomorzan. Od 1454 miasto powraca pod rządy Brandenburgii. Od tego czasu miasto nieprzerwanie pozostawało pod władzą dynastii Hohenzollernów aż do 1918 r., wchodząc od 1701 r. w skład Prus, a od 1871 r. – Niemiec. W 1467 miasto oblegały wojska pomorskie.