Wtedy Odeneal wysłał Applegate’a do majora Greena do Fort Klamath, by ten „wysłał dostateczną siłę, by zmusić Indian, do udania się na obozowisko Yainax w rezerwacie, gdzie zapewniłem zaopatrzenie niezbędne dla ich egzystencji”. Mimo że informacja o tym została wysłana niezwłocznie również do dowódcy 21 pułku – pułkownika Wheatona – nie otrzymał on jej do 2 grudnia.
Tymczasem Applegate przybył do Fort Klamath 28 listopada o godzinie 5 rano. Rozmowa z porucznikiem Boutelle’em uspokoiła go, gdyż stwierdził on, że major nie może wysłać wojska na rozkaz cywila, bez zgody pułkownika bądź generała Canby’ego. Jednakże już o 8.00 major Smith podjął bez konsultacji z wyższym dowództwem decyzję o wysłaniu oddziału pod dowództwem kapitana Jacksona w celu aresztowania Kintpuasha oraz wojowników o imionach Black Jim i Scarfaced Charley. W rozkazie stwierdził, że akcja ma być przeprowadzona, o ile to możliwe, „bez rozlewu krwi, ale gdyby doszło do walki, to cała odpowiedzialność spadnie na Modoków”. Akcja majora Smitha była z punktu widzenia Armii nielegalna. Postanowił on bowiem wykonać rozkaz cywila, który nie miał nad nim władzy. Jego zwierzchnik – pułkownik Wheaton – nic nie wiedział o planowanej akcji (otrzymał informację dopiero po pierwszej bitwie). Po południu 28 listopada 1872 oddział kapitana Johnsona wyruszył z Fort Klamath. Rozpoczęła się wojna.
Wojna (1872–73) Bitwa nad Lost River (29 listopada 1872)