Pod koniec VI wieku do doliny przybyli Słowianie, a w późniejszym okresie osadnicy bawarscy napływający od strony Lammertalu.
Miejscowość została po raz pierwszy wzmiankowana w dokumencie z 1333 roku pod nazwą „In dem Viltmoos”. Nazwa odnosi się do dawnego podmokłego charakteru dna doliny i rosnących tam mchów.
W przeszłości Filzmoos było miejscowością rolniczą i górniczą. W rejonie Rötelsteinu, Rossbrandu i Arzbergu eksploatowano m.in. rudy srebra, miedzi, żelaza, arsenu, ołowiu i cynku.
W latach 1731–1732 mieszkańcy wyznania protestanckiego zostali objęci nakazem opuszczenia arcybiskupstwa salzburskiego. Według kroniki gminnej w wyniku emigracji protestantów Filzmoos utraciło ponad połowę ówczesnej ludności.
Po zakończeniu I wojny światowej zaczęła rozwijać się turystyka letnia. Po II wojnie światowej rozbudowano infrastrukturę przeznaczoną dla turystyki zimowej, a miejscowość stopniowo przekształciła się w ośrodek wypoczynkowy.
Ludność
Według danych gminnych Filzmoos liczyło 1533 mieszkańców według stanu na 31 grudnia 2025 roku. Powierzchnia gminy wynosi 75,71 km², a jej centrum położone jest na wysokości 1057 m n.p.m..
W drugiej połowie XX wieku liczba mieszkańców wzrastała.