Po zakończeniu kariery piłkarskiej został trenerem specjalizującym się w szkoleniu młodzieży. W 2000 jako trener Wisły Kraków zdobył mistrzostwo Polski juniorów (jego wychowankami byli m.in. późniejsi reprezentanci Polski bracia Paweł i Piotr Brożkowie oraz Paweł Strąk), a rok później jako asystent Michała Globisza wywalczył mistrzostwo Europy do lat 18 na turnieju w Finlandii.
8 października 2001 został trenerem drugoligowego ŁKS Łódź (zastąpił na tym stanowisku Mirosława Dawidowskiego), gdzie zakończył pracę 28 kwietnia 2002 po serii słabych wyników sportowych. Drużynie prowadzonej przez Wójtowicza zarzucano zbytnie poleganie na młodych zawodnikach i złotych medalistach młodzieżowych mistrzostw Europy (m.in. wypożyczeni z Wisły Kraków bracia Brożkowie i Dariusz Zawadzki oraz Adrian Napierała).
Od 2002 do 2007 prowadził małopolskie kluby w niższych ligach (Proszowianka Proszowice, Świt Krzeszowice, Kmita Zabierzów i Kolejarz Stróże). W sezonie 2003/2004 awansował z Kmitą do III ligi po wygranym barażowym dwumeczu z Okocimskim Brzesko. W styczniu 2006 Polski Związek Piłki Nożnej mianował Wójtowicza selekcjonerem reprezentacji Polski do lat 13.