17 czerwca 2009 objął stanowisko trenera występującej wówczas w I lidze (drugi poziom rozgrywkowy) Sandecji Nowy Sącz. W sezonie 2009/2010 doprowadził klub z Nowego Sącza do 3. miejsca w tabeli (za Widzewem Łódź i Górnikiem Zabrze). Z Sandecji odszedł po zakończeniu rundy jesiennej sezonu 2010/2011 (piłkarze zajmowali wówczas 4. miejsce w tabeli, zastąpił go Mariusz Kuras) z powodu różnicy zdań z zarządem klubu.
18 kwietnia 2011 został trenerem drugoligowej Puszczy Niepołomice. W sezonie 2012/2013 prowadzona przez niego Puszcza wywalczyła pierwszy w historii klubu awans do I ligi z drugiego miejsca w grupie wschodniej II ligi. Debiutancki sezon 2013/2014 na zapleczu ekstraklasy zakończył się spadkiem Puszczy do II ligi, a 7 października 2014 Wójtowicz odszedł z klubu z Niepołomic po serii czterech porażek z rzędu (zastąpił go Łukasz Gorszkow).
25 lutego 2015 ponownie został trenerem Sandecji, obejmując zespół po Piotrze Stachu.