Laboratorium badawcze W ramach Laboratorium Badawczego (LB) działało sześć pracowni, w których realizowane były badania paliw, biokomponentów, biopaliw, LPG, środków smarowych oraz kolektorów słonecznych. Laboratorium Badawcze posiadało wdrożony system jakości zgodny z normą PN-EN ISO/IEC 17025. Posiadało certyfikat nr AB 279 przyznany przez Polskie Centrum Akredytacji (PCA). W ramach Samodzielnej Pracowni Analiz Instrumentalnych działało Ruchome Laboratorium Kontrolne do badania LPG. Laboratorium to pobierało próbki zgodnie z opracowaną w IPiEO normą ZN/MG/CN-18.
Jednostka Certyfikująca Wyroby Była to wyodrębniona Jednostka w strukturze organizacyjnej Instytutu Paliw i Energii Odnawialnej, która została powołana do certyfikacji paliw i biokomponentów. Jednostka Certyfikująca Wyroby działała bezstronnie i niezależnie oraz stosowała w procesie certyfikacji politykę jakości opartą na księdze jakości oraz procedurach. Jednostka Certyfikująca działała zgodnie z wymaganiami normy PN-EN 45011:2000. Jednostka Certyfikująca Wyroby posiadała certyfikat AC 138.