Ostatni jak na razie start klubu w europejskich pucharach okazał się najgorszym, gdyż w starciu z późniejszym finalistą tej edycji, belgijskim klubem RSC Anderlecht, Ballymena United stracił aż 10 bramek, przegrywając na wyjeździe 0:6 i u siebie 0:4.
Po 1990 W latach 90. Ballymena United wciąż zaliczał się do grona ligowych średniaków. Po sezonie 1994/95 licząca 16 klubów pierwsza liga podzielona została na dwie ośmiozespołowe ligi – pierwszą (Premier Division) i nową drugą (Division One). Ponieważ Ballymena United zajął 12. miejsce, w sezonie 1995/96 przystąpił do gry w drugiej lidze.
W sezonie 1996/97 Ballymena United wygrał drugą ligę i razem z wicemistrzem II ligi Omagh Town awansował do pierwszej ligi, która powiększona została z 8 do 10 klubów. W sezonie 1997/98 (pierwszym po powrocie) Ballymena United zajął 5. miejsce. W następnych sezonach było coraz gorzej, aż w końcu w sezonie 2000/2001 Ballymena United zajął ostatnie, 10. miejsce i spadł do II ligi.