Wicemistrzostwo II ligi w sezonie 2002/03 ponownie pozwoliło wrócić klubowi Ballymena United do najwyższej ligi Irlandii Północnej. Po powrocie Ballymena United plasował się zgodnie z tradycją ostatnich dekad w okolicach środka tabeli. W sezonie 2003/04 klub w 16-zespołowej I lidze zajął 6. miejsce, w 2004/05 było 8. miejsce, 2005/06 – 7. miejsce, 2006/07 – 9. miejsce. 2007/08 – 6. miejsce.
Trenerem klubu od 20 maja 2008 roku jest Roy Walker, który zastąpił na tym stanowisku byłego bramkarza reprezentacji Irlandii Północnej, Tommy'ego Wrighta. Tommy Wright zrezygnował po ostatnim meczu sezonu 2007/08. Początkowo ogłoszono, że zastąpi go jego asystent, Jim Grattan, jednak sprzeciwiła się temu północnoirlandzka federacja piłkarska (Irish Football Association).
Europejskie puchary
Sezon Rozgrywki Runda Klub Dom Wyjazd Ogólnie 1978/79 Puchar Zdobywców Pucharów 1R KSK Beveren 0–3 0–3 0–6 1980/81 Puchar UEFA 1R Vorwärts Frankfurt 2–1 0–3 2–4 1981/82 Puchar Zdobywców Pucharów 1R AS Roma 0–2 0–4 0–6 1984/85 Puchar Zdobywców Pucharów 1R Ħamrun Spartans 0–1 1–2 1–3 1989/90 Puchar Zdobywców