W 1945 roku podczas zdobywania miasta Poznania przez Armię Czerwoną (Bitwa o Poznań) kościół został poważnie zniszczony na skutek pożaru wnętrza i części dachu. Pierwszy proboszcz, ks. Skórnicki zginął w Dachau w 1942 roku, dlatego też po wojnie na urząd proboszcza powołano księdza Romana Mielińskiego. Jego pierwszym zadaniem było dostosowanie ocalałej części świątyni do użytku i sprawowania w niej kultu. Starania ks. Mielińskiego zostały przerwane w wyniku aresztowania przez komunistyczne władze za działalność w Armii Krajowej w czasie wojny. Po dwuletniej posłudze ks. Stanisława Szwedzińskiego w 1951 roku pracę w parafii podjął ks. Józef Jasiński. W pierwszym rzędzie podjął starania zabezpieczenia istniejącego kościoła oraz dążenia do budowy nowej świątyni. W 1955 roku zakończono prace nad wyposażeniem kościoła. W tym czasie parafia liczyła ok. 12 tys. wiernych (w 1929 roku liczyła ok. 8 tys.). W niedzielę sprawowano sześć Mszy świętych, a rokrocznie do Pierwszej Komunii Świętej przystępowało ponad sto dzieci.