drugie stronnictwo Baglar, zwane stronnictwem kościelnym, ponieważ uzyskało poparcie biskupów norweskich uważało, że każdy potomek królewskiego rodu ma prawo do części władztwa. Silne rządy ojca pozwoliły Haakonowi rozciągnąć swą władzę na całe terytorium kraju. Musiał się jednak liczyć z głosami niezadowolenia ze strony hierarchii kościelnej, która od czasu wyklęcia tych spośród biskupów, którzy popierali króla Sverrego, stała się częścią antykrólewskiej opozycji. Haakonowi udało się doprowadzić do ugody z biskupami.
Pomyślnie rozpoczęte panowanie Haakona zostało przerwane. Miało to związek z jego macochą, królową Małgorzatą, córką króla Szwecji Eryka IX. Królowa Małgorzata bezpośrednio po śmierci króla Sverrego wyjechała do Szwecji. Pod koniec grudnia 1203 powróciła do Norwegii wraz z córką Krystyną (jej ojcem był Sverre) i przybyła na dwór króla. Dwa dni później, 1 stycznia 1204, król Haakon III zmarł, prawdopodobnie otruty. Królowa Małgorzata została oskarżona o zbrodnię, wówczas jeden z jej sług, by dowieść niewinności kobiety, zgodził się poddać sądowi bożemu, jednak podczas próby wody utonął. Wtedy królowa ponownie opuściła Norwegię.