W tym okresie po klęsce w bitwie pod Białą Górą w okolicach Bobolic osiedliło się wiele rodzin czeskich protestantów, za ich sprawą miasto zaczęło pod koniec XVII wieku dźwigać się z ruin. W XVIII pochodzący z Francji hugenoci założyli przetwórnię tytoniu, rozwinęło się wówczas tkactwo i szewstwo. W 1800 miał miejsce największy pożar miasta, po którym podczas odbudowy powstał nowy ratusz. W 1813 powstał nowy cmentarz zlokalizowany za miastem, a w 1818 murowany budynek szkoły. Od 1853, w ciągu trzech lat, wybudowano szeroki, utwardzony trakt łączący miasto z KoszalinemCzesław Piskorski „Pomorze koszalińskie” Wydawnictwo Wiedza Powszechna, Warszawa 1961 s. 148, 150. mały|Panorama miasta (1905) Od 1871 do 1945 część Niemiec. W latach 1872–1932 Bobolice były siedzibą powiatu, a następnie w wyniku reformy administracyjnej znalazły się w powiecie koszalińskim. W latach 1897 rozpoczęto, a 1898 uruchomiono kolej wąskotorową do Grzmiącej i Polanowa, w 1903 do Koszalina, a w 1905 do Białogardu. W pierwszej połowie XX wieku istniała tu fabryka maszyn rolniczych, fabryka mebli, zakłady młynarskie i tartak. W 1925 Bobolice liczyły 5432 mieszkańców, w 1930 rozszerzono granice miasta, które składało się z trzech części: Ackerhof, Bublitz i Friedenshof.