Habsburgowie dążyli do utrzymania owych dóbr w rękach Kościoła (poparcie katolickich władców-biskupów gwarantowało im kolejne zwycięstwa w elekcjach cesarskich), podczas gdy władcy świeccy, w większości już protestanccy, naciskali na sekularyzację biskupstw. Niezgoda w kwestiach religijnych utrudniała porozumienie w innych kwestiach, utrudniając funkcjonowanie Sejmu Rzeszy. Owocem wojny trzydziestoletniej, która zdominowała także międzynarodową politykę I połowy XVII w. było uznanie praw książąt do prowadzenia samodzielnej polityki zagranicznej oraz przyznanie godności elektorskiej obu liniom Wittelsbachów: palatynackiej i bawarskiej (dotąd sprawowała ją tylko ta pierwsza).