W XVI wieku reformacja doprowadziła do długoletnich wojen religijnych w Niemczech, ponieważ katoliccy cesarze uważali się za namiestników Chrystusa winnych „walczyć z herezjami”, natomiast książęta obok sporów teologicznych i walki o wolność wyznania dostrzegli okazję do osłabienia zwierzchności cesarskiej. Dzięki układom z Jagiellonami Habsburgowie przejęli w 1526 na stałe trony czeski i węgierski. Unia personalna Niemiec, Czech i Węgier utrzymała się aż do kresu Świętego Cesarstwa Rzymskiego, jako że niemal każdorazowo elektorzy Rzeszy oraz szlachta czeska i węgierska wybierały tych samych władców (w XVII wieku Habsburgom udało się wprowadzić dziedziczność tronu w Czechach i na Węgrzech, natomiast podobne próby w Niemczech zawsze okazywały się bezskuteczne).
Wiek XVI i XVII to okres prób odbudowy przez Habsburgów politycznej kontroli nad Niemcami w atmosferze wojen religijnych. Jednocześnie książęta, drogami legalnymi (na sejmach) i pozalegalnymi, przy poparciu Francji i innych mocarstw, dążyli do wywalczenia sobie jak największych swobód i złamania potęgi Habsburgów. Jednym z głównych motorów rywalizacji stał się konflikt o sekularyzację kościelnych państewek w Niemczech, których władcy (biskupi) porzucili Kościół katolicki i przeszli na protestantyzm.