Historia USDA zostało powołane do życia jako ministerstwo 15 lutego 1889, czyli od tego czasu jego kierownik zasiada w gabinecie prezydenta, wraz z w kilkoma (ostatnimi laty, kilkunastoma) najważniejszymi osobami, stanowiąc tymże podstawową składową rządu.
Gospodarka Stanów Zjednoczonych w swojej wczesnej historii miała charakter głównie rolniczy. Urzędnicy zatrudnieni w rządzie federalnym długo poszukiwali nowych i ulepszonych odmian nasion, roślin i ras zwierząt, w celu ich importu do USA. W 1836 Henry Leavitt Ellsworth, prawnik wykształcony na Uniwersytecie Yale, który interesował się unowocześnianiem rolnictwa, został mianowany na stanowisko Komisarza ds. Patentów w obrębie struktur Departamentu Stanu. Wkrótce po tym przystąpił do zbierania i dystrybucji nowych odmian nasion i roślin za pośrednictwem członków Kongresu Stanów Zjednoczonych i towarzystw rolniczych. W 1839 Kongres ustanowił Dział Rolnictwa w ramach Urzędu Patentowego i przyznał kwotę 1000$ na rzecz "zbierania danych statystycznych dotyczących rolnictwa oraz na inne cele związane z rolnictwem".