Przypuszcza się, że nazwa miasta i jego herb wzięły swój początek od rodziny (Graven van Bodelo), która je posiadała. Inna legenda mówi o przybyciu w te okolice dostojnego wysłannika (bode), który zmarł i został pogrzebany (graven) w tych okolicach. W herbie miasta widać kapelusz owego dostojnika oraz dwie łopatyKaasdorp aan Rijn .

Pewne jest istnienie niewielkiej osady ok. roku 1050. Przez dwa wieki toczył się spór o zawładnięcie miejscowością pomiędzy hrabiami holenderskimi a biskupem Utrechtu. W 1257 na mocy orzeczenia sądu Bodegraven stało się własnością hrabstwa graafschap Holland. Pod koniec średniowiecza tereny wokół Bodegraven zmeliorowano, a ok. 1350 powstała śluza na Oude Rijn. W 1672, podczas wojny Republiki Zjednoczonych Prowincji z Anglią, Francją Münsterem i Kolonią Bodegraven znalazło się tuż za Holenderską Linią Wodną – barierą mającą powstrzymać postępy wojsk francuskich. Francuzom jednakże udało się ją sforsować podczas zimy, gdyż woda zamarzła, a Bodegraven zostało przez nich zniszczone podczas wycofywania się przed kontratakującymi wojskami holenderskimi. Na krótko po tych wydarzeniach wzniesiono fort Wierickerschans położony na wschód od miasta .