Według relacji świadków w świątyni lub w jej sąsiedztwie okupanci niemieccy rozstrzelali ponad 60 osób różnej narodowości. W 1970 na cerkiewnej działce odsłonięto pomnik ich pamięci.
W 1951 parafia w Ciechanowcu została restytuowana, jednak taki stan rzeczy trwał tylko przez dwa lata. W 1953 cerkiew ponownie straciła status parafialnej i stała się jedną z pomocniczych świątyń parafii w Siemiatyczach. Dzięki kolekcie na terenie całej diecezji warszawsko-bielskiej możliwy był remont zniszczonej cerkwi, w ramach którego odbudowano jej dzwonnicę, pokryto dach blachą i położono tynk. Rozebrano natomiast zniszczone cztery mniejsze cebulaste kopuły nad nawą świątyni. Mimo przeprowadzonej renowacji już w latach 70. XX wieku stan techniczny budowli ponownie oceniono jako grożący ruiną. Kolejny remont generalny miał miejsce w latach 1977–1980, dzięki staraniom ks. Grzegorza Sosny. W tym czasie rzeźbiarz z Siemiatycz, Wiaczesław Szum, wykonał dla cerkwi nowy ikonostas. Uzupełniono również inne utensylia liturgiczne. Świątynię wpisano do rejestru zabytków 11 maja 1981 pod nr A-138.