Rok później obiekt sakralny ponownie stał się świątynią parafialną.

Mimo spadającej liczby wiernych cerkiew pozostawała czynna, odrzucona została także propozycja przekazania jej Muzeum Rolnictwa w Ciechanowcu.

Kolejny remont budowli miał miejsce w latach 2002–2003. Na początku XXI wieku do świątyni uczęszczało kilkanaście osób.

Biskupi prawosławni odwiedzali cerkiew w Ciechanowcu dwukrotnie – w 2001 w dniu święta patronalnego uroczystościom przewodniczył metropolita warszawski i całej Polski Sawa, zaś w 2007 w obiekcie służył biskup siemiatycki Jerzy.

Architektura Cerkiew w Ciechanowcu jest budowlą ceglaną, otynkowaną. Główny korpus budynku wzniesiono na planie kwadratu, jest on dziewięciopolowy. Wbrew prawosławnej tradycji architektonicznej świątynia nie jest orientowana; wejście do niej prowadzi przez położony od wschodu przedsionek, podczas gdy pomieszczenie ołtarzowe znajduje się po stronie zachodniej. Nad przedsionkiem wznosi się ośmioboczna wieża, rozczłonkowana półkolistymi arkadami w górnej części i wykończona hełmem z cebulastą kopułką. Druga kopułka o identycznym kształcie znajduje się nad nawą, gdzie wieńczy czterospadowy dach.