Parafia w Boćkach należała do dekanatu drohiczyńskiego eparchii wileńskiej i litewskiej. Po utworzeniu eparchii grodzieńskiej znalazła się w jej granicach. W 1864 do świątyni uczęszczało ponad 1900 wiernych, zaś na początku XX w. liczbę wiernych oszacowano na 2260 osób.
Cerkiew została poważnie uszkodzona podczas pożaru w czasie I wojny światowej. Całkowitemu zniszczeniu uległo wówczas jej wyposażenie. Większość miejscowych wiernych przebywała wówczas na bieżeństwie; prawosławni mieszkańcy wsi wracali do niej po 1920.
Po 1918 Powracający do Bociek prawosławni dokonali prowizorycznego remontu cerkwi, by umożliwić odprawianie w niej nabożeństw. Polskie ministerstwo wyznań religijnych i oświecenia publicznego nie zgodziło się na zarejestrowanie parafii we wsi. Budowla sakralna była czynna jako filia parafii św. Michała Archanioła w Bielsku Podlaskim. Status cerkwi parafialnej uzyskała ponownie w 1929.