W czasie II wojny światowej, w 1941, świątynia ponownie została poważnie uszkodzona na skutek niemieckiego ostrzału. Zrujnowane zostały dwie wieże cerkwi i sygnaturka nad nawą, zawalił się dach, zniszczeniu uległo wyposażenie. W 1943 w obiekcie dokonano podstawowych napraw i przywrócono go do użytku liturgicznego. Z powodu braku środków nie odbudowano wież. W czasie II wojny światowej liczbę uczęszczających do świątyni szacowano na 2697 osób. Zniszczenia i dwa prowizoryczne remonty przeprowadzone po I i II wojnie światowej doprowadziły do wyeliminowania z bryły budynku niektórych elementów wprowadzonych po przebudowie według projektu Krzyżanowskiego. Ponowne poświęcenie cerkwi miało miejsce dopiero w 1955. Cerkiew wpisano do rejestru zabytków 3 listopada 1966 pod nr A-399.