O silnych wpływach katolicyzmu łacińskiego na unicką parafię w Boćkach świadczy fakt, że pierwotnie budynek był bliźniaczo podobny do klasycystycznych kościołów wznoszonych w tym samym okresie. Na wyznanie obiektu wskazywały jedynie wieńczące wieże krzyże z dwiema poprzecznymi belkami. Również wyposażenie świątyni w XVIII–XIX w. było silnie zlatynizowane, co odpowiadało ówczesnym tendencjom w rozwoju Kościoła unickiego, zgodnymi z wytycznymi synodu zamojskiego z 1720. Do zmiany tego stanu rzeczy przystąpił w latach 30. XIX w. konsystorz unickiej metropolii wileńskiej pod kierunkiem biskupa Józefa, przygotowując tym samym konwersję całej administratury na prawosławie. Na początku akcji delatynizacyjnej, w 1834, konsystorz wytypował najważniejsze i najzamożniejsze świątynie w metropolii. W grupie tej znalazło się szesnaście cerkwi na Podlasiu, a wśród nich także obiekt sakralny w Boćkach.
W latach 30. XIX w. świątynia nie posiadała ikonostasu, co było typowe dla zlatynizowanych unickich cerkwi na Podlasiu. Jedynie na jednej ze ścian zawieszono rząd ikon w porządku nawiązującym do rzędu namiestnego w ikonostasie, a nad nim – inne, już dowolnie rozmieszczone wizerunki. W boćkowskiej świątyni unickiej znajdowały się również organy oraz ambona.