W 1835 do obiektu wstawiono prawosławny stół ołtarzowy (cs. prestoł) oraz stół ofiarny (cs. żertwiennik), jak również konstrukcję ikonostasu. Organy usunięto z obiektu przed czerwcem 1837. Wcześniej, do 1836, cerkiew w Boćkach otrzymała komplet prawosławnych naczyń liturgicznych. W tym samym roku na potrzeby parafii przekazano także księgi liturgiczne drukowane w Petersburgu, dostosowane do rytu synodalnego. W cerkwi w Boćkach pozostawiono natomiast pounicką ambonę, gdyż konsystorz uznał, że w obszernej świątyni jej obecność nie stanowi problemu.
Z powodu niechęci wobec planowanej konwersji na prawosławie proboszcz parafii w Boćkach Bazyli Wysiekirski (jeden z sygnatariuszy wysłanego w 1838 przez kilkunastu unickich kapłanów pisma do cara, w którym proszono o możliwość pozostania przy obrządku unickim) został w 1838 usunięty z pełnionej funkcji. O powrót duchownego bezskutecznie ubiegali się parafianie, pisząc w tej sprawie pismo do konsystorza.
Bezpośrednio przed konwersją na prawosławie dokonaną w 1839 liczbę wiernych miejscowej parafii oszacowano na 1500 osób zamieszkałych w Boćkach oraz w sąsiednich wsiach.