część parafii na Śląsku Cieszyńskim, w Krakowie oraz na terenach wschodnich.
Nie wszystkie organizacje luterańskie działające w granicach II Rzeczypospolitej zostały jednak od razu włączone do Kościoła warszawskiego. Na polskim Górnym Śląsku działał Ewangelicki Kościół Unijny na polskim Górnym Śląsku, w Wielkopolsce funkcjonował Ewangelicki Kościół Unijny w Polsce, a na części ziem zachodnich i południowych działały również wspólnoty staroluterańskie oraz Kościół Augsburskiego i Helweckiego Wyznania.
W 1922 roku Kościół podzielony był na osiem superintendentur: warszawską, kaliską, augustowską, piotrkowską, płocką, północno-wschodnią, śląską oraz poznańsko-pomorską. W 1925 roku superintendenturę augustowską włączono do północno-wschodniej. W 1936 roku, wraz z wejściem w życie nowego ustroju Kościoła, superintendentury zastąpiono diecezjami. Utworzono dziesięć diecezji: warszawską, płocką, kaliską, piotrkowską, lubelską, łódzką, wołyńską, wileńską, śląską i wielkopolską.