Proces organizacyjnego ujednolicania Kościoła Ewangelicko-Augsburskiego trwał przez cały okres międzywojenny. W latach 1922–1923 obradował Synod Konstytucyjny, który przygotował podstawy nowego ustroju Kościoła. Ostateczne uregulowanie jego sytuacji prawnej nastąpiło na podstawie dekretu Prezydenta Rzeczypospolitej z 25 listopada 1936 roku. Na czele Kościoła stał Biskup Kościoła, władzę administracyjną sprawował Konsystorz Kościoła, a ustawodawczą Synod.
W okresie międzywojennym rozwijały się również instytucje społeczne i edukacyjne, m.in. Wydział Teologii Ewangelickiej Uniwersytetu Warszawskiego, diakonat „Eben-Ezer” w Dzięgielowie oraz placówki opiekuńcze i oświatowe.
II wojna światowa 1939–1945 Po wybuchu II wojny światowej działalność Kościoła Ewangelicko-Augsburskiego w RP została ograniczona przez władze okupacyjne. Aresztowano i więziono wielu duchownych oraz świeckich działaczy kościelnych. Około 30% duchownych Kościoła zginęło w czasie wojny, a około 50% zostało uwięzionych lub poddanych innym represjom. Straty objęły również najwyższe władze Kościoła. W październiku 1939 roku Gestapo aresztowało biskupa Juliusza Burschego, który zmarł 20 lutego 1942 roku.