Na mocy powojennych zmian prawnych Kościół Ewangelicko-Augsburski objął również opieką duszpasterską luteranów na nowych terenach oraz przejął część parafii należących przed wojną do innych Kościołów ewangelickich.
24 stycznia 1945 roku w Częstochowie odbyło się spotkanie dziewięciu duchownych i przedstawicieli przedwojennych władz Kościoła: p.o. prezesa Konsystorza Maksymiliana Rudowskiego oraz księży Leopolda Wojaka, Jana Szerudy, Henryka Wendta, Emila Dawida, Edwarda Dietza, Adolfa Glotza, Adama Hławiczki i Tadeusza Wojaka. Celem spotkania było ustalenie tymczasowej reprezentacji Kościoła. Spośród duchowieństwa wybrano ks. Zygmunta Michelisa, ks. Jana Szerudę i ks. Henryka Wendta. Wraz z Maksymilianem Rudowskim oraz żyjącymi świeckimi członkami przedwojennego Konsystorza, Karolem Littererem i Gustawem Lauterem, tworzyli oni sześcioosobową reprezentację Kościoła.
W 1948 roku odtworzono podział Kościoła na diecezje i powołano ich władze. 29 czerwca 1950 roku zebrał się pierwszy powojenny Synod, który wybrał Konsystorz. W 1951 roku Synod wybrał na biskupa Kościoła ks. Karola Kotulę.