W okresie powojennym rozpoczął się proces organizacyjnego włączania do Kościoła Ewangelicko-Augsburskiego parafii i struktur, które przed wojną należały do innych organizacji ewangelickich. Dotyczyło to m.in. części parafii dawnych Kościołów unijnych i staroluterańskich oraz parafii Kościoła Augsburskiego i Helweckiego Wyznania w Małopolsce. W rezultacie Kościół Ewangelicko-Augsburski stał się głównym organizacyjnym spadkobiercą pozostałych w Polsce struktur luterańskich.
Proces ten odbywał się równolegle z dużym spadkiem liczby wiernych. Po wojnie na terenie Polski pozostało około 240 tysięcy luteran. W kolejnych latach liczba ta znacznie się zmniejszyła wskutek wysiedleń ludności niemieckiej oraz migracji i emigracji polskich ewangelików, szczególnie z Górnego Śląska, Dolnego Śląska, Mazur i Pomorza.
Istotnym elementem powojennej historii Kościoła były kontakty z Kościołami ewangelickimi w Niemczech. W okresie PRL, mimo trudnych relacji politycznych między Polską a RFN, utrzymywano kontakty kościelne, dzięki którym do polskich parafii trafiała pomoc materialna, w tym paczki i dary. Kontakty te miały początkowo przede wszystkim charakter pomocowy, a z czasem stały się również ważnym elementem polsko-niemieckiego dialogu i pojednania.