Klan Taira opowiedział się po stronie Go-Shirakawy, a klan Minamoto – Sutoku.

W wyniku tego konfliktu klan Fujiwara znacznie osłabł, a rody Minamoto i Taira zwiększyły swoje wpływy na dworze cesarskim. Z czasem jednak stosunki pomiędzy nimi znacznie się pogorszyły, doprowadzając tym razem do bezpośredniej walki pomiędzy nimi (jeszcze z biernym udziałem Fujiwarów) w 1160 roku. Konflikt ten zakończył się zdecydowanym zwycięstwem rodu Taira, ale po latach doprowadził do długiej wojny z rodem Minamoto, wojny Gempei (1180–1185)Nazwa Gempei pochodzi od sino-japońskiego czytania nazwisk rodowych: Minamoto i Taira., która zakończyła okres Heian. Została ona opisana w opowieści wojennej Heike monogatari (Opowieść o rodzie Taira/Heike).

Wojna Gempei przyniosła rozstrzygnięcie na korzyść klanu Minamoto, który rozgromił swoich przeciwników w ostatecznej bitwie w zatoce Dan-no-ura na Wewnętrznym Morzu Japońskim. Przywódca klanu, Yoritomo, otrzymał w 1192 roku od cesarza tytuł sei’i-taishōgun. Od tego momentu centrum życia politycznego kraju przesunęło się na równinę Kantō. Yoritomo przeniósł swoją stolicę do Kamakury, od której swoją nazwę bierze kolejny okres, tym razem zdominowany przez wojsko.