Początkowy okres konspiracji thumb|Ppłk „Wilk” przed frontem oddziałów w styczniu 1944 W 2. połowie października 1939 przedostał się do Warszawy. Związał się z niedawno powstałą Służbą Zwycięstwu Polski, na czele której stał gen. Michał Karaszewicz-Tokarzewski. Już w listopadzie tego roku został wysłany na Wileńszczyznę w celu podporządkowania lokalnych siatek konspiracyjnych SZP. Przybył na miejsce prawdopodobnie na początku 1940. Na przełomie marca i kwietnia tego roku został szefem sztabu i zastępcą komendanta Okręgu, ppłk. Nikodema Sulika. Wkrótce wileńskie SZP przemianowano na ZWZ. 31 marca 1941 Naczelny Wódz awansował go na stopień podpułkownikaInne źródła podają, że został mianowany podpułkownikiem 18 lipca 1941 na posiedzeniu wileńskiej Rady Politycznej..
Po aresztowaniu przez NKWD w połowie kwietnia tego roku komendanta Okręgu Wileńskiego ZWZ przejął faktycznie dowodzenie organizacją. W sierpniu 1941, po zajęciu Wilna przez wojska niemieckie, komendant główny ZWZ, gen. bryg. Stefan Rowecki zatwierdził go na stanowisku komendanta Okręgu. Jesienią 1942 podjął rozmowy z przedstawicielami litewskiej konspiracji niepodległościowej, wznowione następnie na przełomie 1943/1944, które jednak rozbiły się o kwestię przynależności państwowej Wileńszczyzny.