Kilka dni później ppłk Krzyżanowski wyjechał do Warszawy złożyć raport dla KG AK z przeprowadzonych rozmów i ewentualnie uzyskać ich akceptację. Komendant główny AK, gen. bryg. Tadeusz Bór-Komorowski zdecydowanie odrzucił możliwość porozumienia z Niemcami. Zalecał także powstrzymywanie się od wystąpień przeciwko partyzantce sowieckiej. Ponadto nakazał mającą niedługo wkroczyć na ziemie polskie Armię Czerwoną traktować jako sojusznika i współdziałać z nią w walce przeciwko Niemcom. Kiedy na początku marca 1944 ppłk Krzyżanowski wrócił do Wilna, odrzucił pisemnie wszelkie propozycje niemieckie i polecił ponadto wzmóc propagandę antyniemiecką.
Walki z Litwinami W maju 1944 doszło do walk z batalionami Litewskiego Korpusu Posiłkowego pod dowództwem gen. Povilasa Plechavičiusa, który był całkowicie podporządkowany Niemcom. Chcąc zapobiec polsko-litewskiemu konfliktowi, ppłk Krzyżanowski wysłał pismo do gen. P. Plechavičiusa z propozycją zawarcia umowy o nieagresji oraz zawieszenia dotychczasowych walk między Polakami i Litwinami. Ci odrzucili jednak polskie warunki, gdyż domagali się przede wszystkim uznania Wileńszczyzny za część Litwy i w związku z tym wycofania z niej wszystkich oddziałów AK. W rezultacie od początku maja 1944 doszło do wzajemnych walk (z osobistym udziałem ppłk.