Po śmierci Zamoyskiego w 1605 r. stanął na czele opozycji przeciw Zygmuntowi III Wazie. W kwietniu 1606 roku uczestniczył w zjeździe w StężycyStanisław Płaza, Rokosz Zebrzydowskiego, Kraków 1989, s. 4. i stanął na czele rokoszu przeciwko królowiJ. Maciszewski, Próby mediacyjne Piotra Tylickiego w dobie rokoszu sandomierskiego (1606–1608), [w:] Kościół katolicki w Małopolsce w średniowieczu i we wczesnym okresie nowożytnym, red. W. Kowalski, J. Muszyńska, Kielce–Gdańsk 2001.
W czerwcu 1606 uczestniczył w zjeździe pod LublinemAlexander Rembowski, Rokosz Zebrzydowskiego : materyały historyczne poprzedzone przedmową i rozprawą pod tytułem Konfederacya i rokosz w dawnem prawie państwowem polskiem, Warszawa 1893, s. 195.. 7 października 1606 roku podpisał z królem ugodę pod JanowcemAlexander Rembowski, Rokosz Zebrzydowskiego : materyały historyczne poprzedzone przedmową i rozprawą pod tytułem Konfederacya i rokosz w dawnem prawie państwowem polskiem, Warszawa 1893, s. 213.. Mimo ugody wziął udział w drugiej fazie rokoszu i 24 czerwca 1607 roku podpisał pod Jeziorną akt detronizacji Zygmunta III WazyHenryk Scmitt, Kilka uwag w sprawie rokoszu Zebrzydowskiego, w: Roczniki Towarzystwa Przyjaciół Nauk Poznańskiego t. III, Poznań 1865, s. 61.. W 1606 roku rokosz został stłumiony w wyniku bitwy stoczonej w lipcu 1607 roku pod Guzowem.